В fbreader есть все необходимые для этого настройки, но кто-то даёт более высокий приоритет LibreOffice.
Попросите разобраться автора вашего дистрибутива.

(In reply to comment #1)
> В fbreader есть все необходимые для этого настройки, но кто-то даёт более
> высокий приоритет LibreOffice.

Дело не в приоритетех, а в разных типах mime. FBReader пытается зарегистрировать тип application/x-fb2:

$ rpm -ql fbreader | grep 'desktop$' | xargs grep fb2
/usr/share/mimelnk/application/x-fb2.desktop:MimeType=application/x-fb2
/usr/share/mimelnk/application/x-fb2.desktop:Patterns=*.fb2.zip;*.fb2;

Но для *.fb2 и *.fb2.zip из пакета shared-mime-info прилетают совсем другие mime-типы:

$ xdg-mime query filetype test.fb2
application/x-fictionbook+xml
$ xdg-mime query filetype test.fb2.zip
application/x-zip-compressed-fb2

Мне кажется, с этим всё-таки надо что-то сделать. Не уверен, с какой стороны.

fbreader сильно устарел и я не рекомендую включать его в состав дистрибутивов.