Список модулей попавших в initrd:

./arch
./arch/x86
./arch/x86/crypto
./arch/x86/crypto/crc32c-intel.ko.gz
./arch/x86/crypto/aesni-intel.ko.gz
./arch/x86/crypto/glue_helper.ko.gz
./arch/x86/crypto/sha256-ssse3.ko.gz
./crypto
./crypto/crc32c_generic.ko.gz
./crypto/af_alg.ko.gz
./crypto/algif_aead.ko.gz
./crypto/algif_hash.ko.gz
./crypto/algif_rng.ko.gz
./crypto/algif_skcipher.ko.gz
./crypto/cryptd.ko.gz
./crypto/crypto_simd.ko.gz
./drivers
./drivers/md
./drivers/md/dm-bufio.ko.gz
./drivers/md/dm-mod.ko.gz
./drivers/md/dm-snapshot.ko.gz
./drivers/md/dm-crypt.ko.gz
./drivers/crypto
./drivers/crypto/padlock-aes.ko.gz
./drivers/hid
./drivers/hid/hid-generic.ko.gz
./drivers/hid/hid.ko.gz
./drivers/input
./drivers/input/serio
./drivers/input/serio/serio_raw.ko.gz
./drivers/input/evdev.ko.gz
./drivers/input/input-leds.ko.gz
./fs
./fs/ext4
./fs/ext4/ext4.ko.gz
./fs/jbd2
./fs/jbd2/jbd2.ko.gz
./fs/mbcache.ko.gz
./lib
./lib/crc16.ko.gz
./lib/crc-ccitt.ko.gz
./net
./net/ipv6
./net/ipv6/netfilter
./net/ipv6/netfilter/nf_defrag_ipv6.ko.gz
./net/ipv6/ipv6.ko.gz
./net/packet
./net/packet/af_packet.ko.gz

Ручное добавление модуля essiv в initrd по совету @ldv помогает и достаточно.

Подтверждаю, та же проблема с luks, решается добавлением essiv в модули.

(В ответ на комментарий №3)
> проблема с luks, решается добавлением essiv в модули.
При этом essiv нет в ядрах 4.Х

Fixed in make-initrd 2.4.0

Fixed