Fixed in 9.1.900.

Результат проверки актуальности

Состояние:
Сопровождающий сообщил, что ошибка автоматического обновления исправлена в образе Рабочей станции 9.1.900. Однако отчёт не содержит текст ошибки вне снимка, а коммит или изменение конкретного пакета, исправившее её для Sisyphus и p11, не установлены.

Рекомендация:
Ретест команды «Обновить автоматически» на актуальном Sisyphus. При повторении приложить полный текст ошибки и версию apt-indicator; закрывать без проверки рано.

Ретест на тестовых ВМ x86_64, ALT Workstation 11.2 (GNOME, Wayland). В трее включено расширение AppIndicator, чтобы был виден значок апплета.
apt-indicator-0.4.2-alt1. Начиная с 0.4.1 программа обновления запускается через apt-indicator-su → pkexec, а не через xdg-su, как в исходном отчёте.

Шаги: при доступных обновлениях в меню apt-indicator выбрать «Обновить автоматически...», ввести пароль root в окне аутентификации, в synaptic подтвердить добавление необходимых изменений.

Sisyphus (система обновлена до текущего Sisyphus, synaptic-0.58-alt30):
- запускается /usr/sbin/synaptic --update-at-startup --dist-upgrade-mode --non-interactive;
- установлено 230 пакетов, вывод менеджера пакетов заканчивается «Done.» (выше только предупреждения glib-compile-schemas о ключах arcmenu);
- synaptic завершился сам, сообщения об ошибке (ненулевом коде завершения) от apt-indicator нет;
- apt-get dist-upgrade -s после этого: 0 upgraded.

p11 (synaptic-0.58-alt29):
- установлено 407 пакетов, вывод: «Установка завершена. Ошибок нет. Done.»;
- synaptic завершился, ошибки от apt-indicator нет, обновлений больше не осталось.

Итог: ошибка «Выполнение ... synaptic --update-at-startup --dist-upgrade-mode --non-interactive завершилось с кодом 4» в Sisyphus и p11 не воспроизводится.

Не проверялась среда MATE из исходного отчёта.

(Ответ для Vera Blagoveschenskaya на комментарий #2)
> повторении приложить полный текст ошибки и версию apt-indicator
На скриншоте написана команда, которая приводит к ошибке. apt-indicator мимо.