Нашёл в рассылках x2go 
https://lists.x2go.org/pipermail/x2go-user/2013-July/001532.html
описание подобных проблем. Там они тоже пришли к выводу, что проблема в X сервере. Вопрос в том, что они не решили проблему, а у нас она решается обновлением клиентского терминала до сизифа. Следовательно виноват именно клиентский X сервер. А возможно и какая-то библиотека в составе системы. Вопрос как ее можно вычислить?
В зависимостях x2goclient имеются 4 библиотеки с Х в названии:
libQt5X11Extras.so.5()(64bit)
libQt5X11Extras.so.5(Qt_5)(64bit)
это одна и та же библиотека
и
libX11.so.6()
libXpm.so.4()
первое подозрение конечно на libX11
как это проверить?

(Ответ для Andrey Prokopyev на комментарий #1)
> Нашёл в рассылках x2go 
> https://lists.x2go.org/pipermail/x2go-user/2013-July/001532.html
> описание подобных проблем. Там они тоже пришли к выводу, что проблема в X
> сервере. Вопрос в том, что они не решили проблему, а у нас она решается
> обновлением клиентского терминала до сизифа. Следовательно виноват именно
> клиентский X сервер. А возможно и какая-то библиотека в составе системы.
> Вопрос как ее можно вычислить?
> В зависимостях x2goclient имеются 4 библиотеки с Х в названии:
> libQt5X11Extras.so.5()(64bit)
> libQt5X11Extras.so.5(Qt_5)(64bit)
> это одна и та же библиотека
> и
> libX11.so.6()
> libXpm.so.4()
> первое подозрение конечно на libX11
> как это проверить?

Отладчиком.

Я думаю надо закрыть ошибку ибо в p10 она не актуальна!