Я не знаю как инсталлер получает зависимости, но думаю, что начать нужно с этого вопроса.

Вообще, обрати внимание, что начиная с glibc-2.29-alt1.E2K.4 утилита locale находится в пакете glibc-core, а localedef в glibc-utils (сделано аналогично Сизифу, в Сизифе сделано по моей просьбе). Это связано с тем, что в glibc-locales должны быть только файлы с данными (и потенциально это noarch, но Глеб обнаружил, что формат локалей зависит от endianness).

(Ответ для Andrew Savchenko на комментарий #1)
> Вообще, обрати внимание, что начиная с glibc-2.29-alt1.E2K.4 утилита locale
> находится в пакете glibc-core, а localedef в glibc-utils (сделано аналогично
> Сизифу, в Сизифе сделано по моей просьбе).
А, это всё объясняет -- зависимость на glibc-core действительно генерируется.
Тогда исправление уже в сизифе (пакет installer 1.10.4-alt2).

При тестировании изменения для p9 стоит обратить внимание на вид инсталятора: http://lists.altlinux.org/pipermail/devel-distro/2020-September/002157.html
и содержимое /usr/{share,lib}/locale/ в install2 -- например, так:

$ make CLEAN=0 alt-server.iso
# mount -o loop .../build/install2/.work/.out/altinst /mnt
$ ls /mnt/usr/{share,lib}/locale/