Если функция определена в подключаемом файле, она не учитывается при поиске зависимостей, и её вызов трактуется как вызов внешнего бинарника:

$ cat test.sh | bash --rpm-requires 
executable(/etc/bashrc)
executable(run)

$ cat test.sh 
#!/bin/sh

. ./test1.sh

run

$ cat test1.sh 
#!/bin/sh

run()
{
    echo Hello
}


При этом если функция определена в том же файле, она корректно определяется как функция и не войдёт в список зависимостей:
$ cat test_common.sh | bash --rpm-requires 
executable(/etc/bashrc)
function(run)
function(run)