Спасибо, мы тоже столкнулись с такой же проблемой на MSI и уже готовим исправление.

(Ответ для Anton Farygin на комментарий #1)
> Спасибо, мы тоже столкнулись с такой же проблемой на MSI и уже готовим
> исправление.

alterator-grub надо бы тоже усовершенствовать.

Предполагается, что нужно:
1) сделать так, что бы grub-efi при установке всегда создавал BOOT/BOOTX64.EFI
2) убрать отдельную строчку про мобильные носители из инсталятора.
3) grub-autoupdate должен обновлять BOOT/BOOTX64.EFI

(Ответ для Anton Farygin на комментарий #3)
> Предполагается, что нужно:
> 1) сделать так, что бы grub-efi при установке всегда создавал
> BOOT/BOOTX64.EFI

Т.е. в nvram никогда не лезть? Или делать это в случае неудачи с записью в nvram?

> 2) убрать отдельную строчку про мобильные носители из инсталятора.

тогда другие пункты тоже излишни

> 3) grub-autoupdate должен обновлять BOOT/BOOTX64.EFI

Замечательно.

И ещё до кучи. Нужно:

1) При ручной разбивке не пускать далее, пока точка монтирования /boot/efi не будет создана при загрузке в режиме UEFI

2) Не показывать в alterator-grub пункты установить на Жёсткий диск и разделы в режиме efi. Пользователи путаются.

(Ответ для Антон Мидюков на комментарий #4)
> (Ответ для Anton Farygin на комментарий #3)
> > Предполагается, что нужно:
> > 1) сделать так, что бы grub-efi при установке всегда создавал
> > BOOT/BOOTX64.EFI
> 
> Т.е. в nvram никогда не лезть? Или делать это в случае неудачи с записью в
> nvram?

По моим наблюдениям наличие EFI\BOOT\BOOTX64.EFI является, своего рода костылем, с которым эти новые EFI-firmware не удаляют созданную в nvram загрузочную запись.
Как только появляется эта запись, которая сама по себе недостаточна, перестает исчезать при перезагрузке основная запись о загрузчике в EFI\altlinux\SHIMX64.EFI (их становится 2: "altlinux" и UEFI OS )

Таким образом описанный Антоном сценарий является необходимым и достаточным на данном этапе понимания проблемы: 
(Ответ для Anton Farygin на комментарий #3)
> Предполагается, что нужно:
> 1) сделать так, что бы grub-efi при установке всегда создавал
> BOOT/BOOTX64.EFI
> 2) убрать отдельную строчку про мобильные носители из инсталятора.
> 3) grub-autoupdate должен обновлять BOOT/BOOTX64.EFI

До опубликования изменений в grub-efi и alterator-grub можно пользоваться следующим сценарием в установщике:
1. EFI (для съемных носителей)
2. возврат на предыдущий шаг установки
3. EFI (рекомендуемый)

После этого, в результате перезагрузки, созданная загрузочная запись altlinux не должна исчезать.

grub-2.04-alt2 -> sisyphus:

 Fri Dec 25 2020 Nikolai Kostrigin <nickel@altlinux> 2.04-alt2
 - grub-install: add workaround for malformed EFI-firmware implementations
   (closes: #39432)
   + add debian-grub-install-removable-shim patch
   + add debian-grub-install-extra-removable patch
   + add alt-grub-install-no-fallback-for-removable patch
 - grub-efi-autoupdate: use grub-install --force-extra-removable by default