Пакет pam владеет файлом /var/lock/sepermit, однако /var/lock - это симлинк на /run/lock, однако /run на systemd и в частности в моем контейнере systemd-nspawn - это tmpfs, смонтированный поверх содержимого пакета filesystem, поэтому /run/lock из filesystem недоступен.

Возможно, баг стоит перевесить на filesystem, но вешаю на pam, потому что именно он не может обновиться в контейнере systemd-nspawn.

1: pam-1.5.1.0.43.f220-alt1                                                        #################################################################################################### [ 50%]
ошибка: распаковка архива не удалась на файле /var/lock/sepermit: cpio: mkdir
ошибка: pam-1.5.1.0.43.f220-alt1.x86_64: установить failed
ошибка: pam-1.5.1-alt1.x86_64: стереть пропущено
E: Произошли ошибки при выполнении транзакции

# rpm -qf /var/lock/sepermit
pam-1.5.1-alt1.x86_64

# ls -la /var/lock
lrwxrwxrwx 1 root root 11 янв 29 00:59 /var/lock -> ../run/lock

# ls -la /run
итого 0
drwxr-xr-x 4 root root  80 июл 20 13:52 .
drwxr-xr-x 1 root root 158 фев  2 16:31 ..
drwxr-xr-x 3 root root  80 июл 20 13:49 host
drwxr-xr-x 3 root root  60 июл 20 13:49 systemd

[root@alt ~]# mount | grep /run
tmpfs on /run type tmpfs (rw,nosuid,nodev,size=1100452k,nr_inodes=819200,mode=755)