Created attachment 10455 [details]
log

Имеем сломанную систему, полученную обновлением со снапшота от 2022-03-02 до снапшота от 2022-03-22 с использованием packagekit + offline update

В результате:
[root@host-240 ~]# apt-get dedup 
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
[...]
Следующие пакеты будут УДАЛЕНЫ:
[...]
upower#0.99.13-alt1:sisyphus+283337.200.2.1@1629362144 virtualbox virtualbox-common#6.1.32-alt3:sisyphus+295507.100.1.1@1645086636
  virtualbox-guest-additions virtualbox-guest-common#6.1.32-alt3:sisyphus+295507.100.1.1@1645086636
  virtualbox-guest-utils#6.1.32-alt3:sisyphus+295507.100.1.1@1645086636 wine#1:6.22.1-alt1:sisyphus+290338.220.5.1@1639969913
[...]
[root@host-240 ~]# rpm -q virtualbox
virtualbox-6.1.32-alt3.x86_64
[root@host-240 ~]# rpm -q virtualbox-common 
virtualbox-common-6.1.32-alt3.x86_64
virtualbox-common-6.1.32-alt4.x86_64
[root@host-240 ~]#

Судя по всему, dedup удаляет дубликаты, не обращая внимания на их порядок и из-за этого выносится часть rdepends (которые зависят на конкретную версию)

Полный лог во вложении