Воспроизводится на Sisyphus (i2pd-2.41.0-alt1)

> Думаю, что может с новой версией изменились названия этих настроек, и что
> стоит просто обновить этот файл

Этого мало. Помимо полей без точки:
1) Поменялся сам формат конфига — превратился из голого .conf в натуральный .ini с разбивкой на секции по службам.
2) Более не требуется перечень подписок отдельным файлом — теперь они перечисляются в секции службы [addressbook] основного конфига.
3) Отпала надобность доп.опций в /sysconfig/i2pd — включавшиеся через него службы проще добавить секциями в конфиг. Ещё проще — прилагать конфиг с полным закомментаренным перечнем доступных служб, включить нужные из которых достаточно простым раскомментированием.
4) У автора демона имя конфига совпадает с именем собственно демона, без отгрызания буквы «d».
5) В справке и манах новых сборок ещё осталось описание умолчального размещения конфигов и пид-файла при запуске демона в качестве сервиса в /var/lib/i2pd/, однако по факту в юните идёт отсылка к системным расположениям — /etc/i2pd/*.conf, /run/i2pd/i2pd.pid, /var/log/i2pd/i2pd.log.
6) В новом юните демона учтена необходимость его плавного останова при стопе/перезапуске для корректного закрытия соединений, дабы узел не попал в бан за нарушение участка i2p-сети.
7) Во избежание таких разрывов и перестроений, демон теперь не требуется перезапускать для перечитывания конфигурации — новая версия умеет перезагружаться.

В связи со всем вышеперечисленным предлагаю к рассмотрению свой вариант .srpm, каковой приложу чуть позже — для себя я его собрал с расширением конфигов .ini вместо .conf для удобочитаемости в миднайт-редакторе, и ещё парой мелочей, которые предварительно вычищу, перепроверю и пересоберу.

Created attachment 10772 [details]
Сборочный рпм с обновлёнными спеком, конфигом и юнитом.

Прикладываю обещанный српм.

Вадим, как нуб выражаю вам большую признательность за столь детальное изучение вопроса, спасибо за проделанную работу, ждем, что ответят

В багзилле появился новый запрос на i2p, но почему-то хотят на яве (как я понял). Лично меня устроит и i2pd сделанный на плюсах. Правда вылезает интересная коллизия пожеланий к пакету. Подробности в комменте к https://bugzilla.altlinux.org/36772 .

(Ответ для Вадим Илларионов на комментарий #3)
> Создано вложение 10772 [details] [подробности]
> Сборочный рпм с обновлёнными спеком, конфигом и юнитом.
> 
> Прикладываю обещанный српм.
Вадим, а может быть вы уже можете предоставить решение в виде git-репозитория?

Достаточно же взять актуальный /etc/i2pd/i2p.conf из официального репозитория (https://github.com/PurpleI2P/i2pd/blob/openssl/contrib/i2pd.conf), максимум раскомментировать там порты для http и socks прокси...