Bug 43182

Summary:	сломаны ATOMS в Scilab из-за hdf5
Product:	Sisyphus	Reporter:	Nikolay Strelkov <n.strelkov>
Component:	scilab	Assignee:	Andrey Cherepanov <cas>
Status:	NEW ---	QA Contact:	qa-sisyphus
Severity:	normal
Priority:	P5	CC:	amakeenk, viy
Version:	unstable
Hardware:	x86_64
OS:	Linux

Description Nikolay Strelkov 2022-07-08 00:26:08 MSK

Любая попытка обновления ATOMS из графического или терминального варианта Scilab  приводит к ошибкам. Пользоваться ATOMS нельзя.

```
$ scilab-cli -e "atomsSystemUpdate();exit;"
Scilab branch-6.0 (Nov 23 2021, 06:37:16)
Scanning repository http://atoms.scilab.org/6.0 ... Done

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5G.c line 535 in H5Gget_info(): invalid argument
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5G.c line 294 in H5Gcreate2(): not a location
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Inappropriate type
  #001: H5Gloc.c line 246 in H5G_loc(): invalid object ID
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5A.c line 268 in H5Acreate2(): not a location
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Inappropriate type
  #001: H5Gloc.c line 246 in H5G_loc(): invalid object ID
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5D.c line 119 in H5Dcreate2(): not a location ID
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Inappropriate type
  #001: H5Gloc.c line 246 in H5G_loc(): invalid object ID
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5F.c line 671 in H5Fclose(): not a file ID
    major: File accessibilty
    minor: Inappropriate type
failed to close fileat line   265 of function atomsDESCRIPTIONget ( /usr/share/scilab/modules/atoms/macros/atoms_internals/atomsDESCRIPTIONget.sci line 284 )
at line    16 of function atomsSystemUpdate   ( /usr/share/scilab/modules/atoms/macros/atomsSystemUpdate.sci line 33 )

atomsDESCRIPTIONget: save ('/home/alt/.Scilab/scilab-branch-6.0/.atoms/packages') has failed.
--> 

```

Баг сильно похож на https://bugs.launchpad.net/bugs/1819353 и https://bugs.launchpad.net/bugs/1765503 .

В p9 все нормально работает.

Comment 1 Nikolay Strelkov 2022-07-09 19:26:11 MSK

В реальности ситуация еще хуже - не работает сохранение переменных:
scilab-cli -e "x=10; save('x.dat', 'x')"
завершается с ошибкой:

```
scilab-cli -e "x=10; save('x.dat', 'x')"
Scilab branch-6.0 (Nov 23 2021, 06:37:16)
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5G.c line 535 in H5Gget_info(): invalid argument
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5D.c line 119 in H5Dcreate2(): not a location ID
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Inappropriate type
  #001: H5Gloc.c line 246 in H5G_loc(): invalid object ID
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.6) thread 0:
  #000: H5F.c line 671 in H5Fclose(): not a file ID
    major: File accessibilty
    minor: Inappropriate type
failed to close file
save: Unable to export variable 'x' in file 'x.dat'.

--> 

```

Comment 2 Alexander Makeenkov 2022-09-23 09:29:03 MSK

Добрый день! 

Пожалуйста, предоставьте дополнительную информация для воспроизведения ошибки:
1) образ, на котором воспроизвелась ошибка
2) выводы команд
$ uname -a
$ cat /etc/os-release
$ apt-repo
3) версию пакета, на которой у Вас воспроизводится описанное поведение

Спасибо!

Comment 3 Nikolay Strelkov 2022-09-23 23:43:13 MSK

Благодарю за ответ, вывод требуемых команд ниже:

> 1) образ, на котором воспроизвелась ошибка
alt-p10-mate-20220910-x86_64.iso

> 2) выводы команд
> $ uname -a
Linux localhost.localdomain 5.10.139-std-def-alt1 #1 SMP Mon Sep 5 11:32:02 UTC 2022 x86_64 GNU/Linux

> $ cat /etc/os-release

NAME="starter kit"
VERSION="p10 (Hypericum)"
ID=altlinux
VERSION_ID=p10
PRETTY_NAME="ALT Starterkit (Hypericum)"
ANSI_COLOR="1;33"
CPE_NAME="cpe:/o:alt:starterkit:p10"
HOME_URL="http://en.altlinux.org/starterkits"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.altlinux.org/"

> $ apt-repo
rpm [p10] http://mirror.yandex.ru/altlinux p10/branch/x86_64 classic
rpm [p10] http://mirror.yandex.ru/altlinux p10/branch/x86_64-i586 classic
rpm [p10] http://mirror.yandex.ru/altlinux p10/branch/noarch classic


> 3) версию пакета, на которой у Вас воспроизводится описанное поведение

$ rpm -qa | grep -E "scilab|hdf"
libhdf5-103-1.10.6-alt2.x86_64
libhdf5-hl-100-1.10.6-alt2.x86_64
scilab-6.0.2-alt2.x86_64

Comment 4 Alexander Makeenkov 2022-09-26 09:52:30 MSK

В сизифе тоже воспроизводится.
scilab 1:6.0.2-alt4