Помог способ, предложенный @sibskull 

В Ark нужно отключить модуль Info-zip
Настройка - Настроить Ark - Модули

Современный ZIP умеет юникодные имена файлов. Нужно сперва выяснить, корректный ли файл архива.

Если в нём указано, что имена файлов хранятся в юникоде, то нужно доработать natspec-патч, чтоб там, где не надо, не перекодировал.

Добавлю, что zip с русскими именами от Сбербанка от 2018 года у меня отображается корректно.

Алексей, а как создать такой "zip" в "mail.yandex.ru"? Надо для проверки.

Я просто отправил себе эти 2 файла, а затем скачал zip в полученном сообщении. Если надо могу кинуть скринкаст записанный для яндекса.

(Ответ для Александр Надворный на комментарий #5)
> Я просто отправил себе эти 2 файла, а затем скачал zip в полученном
> сообщении.
Тогда mail.yandex.ru тут вообще нипричём.

Опишите процесс создания такого файла архива. Ошибка может быть в созданном файле.

Пошагово:
1. Создал 2 файла с русскими буквами в названиях
2. Отправил их себе в mail.yandex.ru
3. В полученном письме отображаются файлы и справа "скачать всё"
4. Загруженный файл - архив zip с вложениями. Он и не читается нормально.

Т.е. при нажатии на ссылку "скачать всё" yandex упаковывает вложения из письма в zip архив.

(Ответ для Александр Надворный на комментарий #8)
> Пошагово:
> 1. Создал 2 файла с русскими буквами в названиях
Вот это и опишите подробно.

1. Создал для теста 2 пустых файла
Пробный файл 1.txt
Пробный файл 2.txt
и отправил себе для теста.
Для теста не важно что внутри, главное русские буквы в названии. Принципиально прикрепить 2 или более файлов, чтобы появилась кнопка "скачать всё" в интерфейсе mail.yandex.ru при нажатии на которую скачиваются вложения письма упакованные яндексом в архив zip.

Опишите создание файла.
Как только файл появляется на файловой системе, дальнейшие действия писать не надо.

(Ответ для Sergey V Turchin на комментарий #11)
> Опишите создание файла.
Имелся ввиду файл архива в формате ZIP

> Как только файл 
файл.zip

> появляется на файловой системе, дальнейшие действия писать
> не надо.

(Ответ для Александр Надворный на комментарий #10)
> Принципиально прикрепить 2 или более файлов, чтобы появилась кнопка "скачать
> всё" в интерфейсе mail.yandex.ru при нажатии на которую скачиваются вложения
> письма упакованные яндексом в архив zip.
Ааа, вот оно как. Понятно, спасибо!

Created attachment 11449 [details]
Скринкаст

С архивом из существующего вложения ошибка воспроизводится на виртуальных машинах с версиями:

[p10] unzip-6.0-alt5.x86_64
kworkstation-10.1-x86-64
education-10.1-x86-64
education-10.1-x86-64-kde
workstation-10.1-x86-64
server-10.1-x86-64

[sisyphus] unzip-6.0-alt5.x86_64
kworkstation-10.1-x86-64
education-10.1-x86-64
education-10.1-x86-64-kde
workstation-10.1-x86-64
server-10.1-x86-64

*** This bug has been marked as a duplicate of bug 12313 ***