Конфликты на уровне файлов может обнаружить только rpm, так что это скорее к нему пожелание, но само по себе звучит разумно, но технически не очень естественно. (Предложения по реализации welcome.)

Согласен, конфликты разбирает библиотека rpm. Предложение к выводу apt, чтобы он вместо 'name-version.arch' выдавал такое название, которое можно вставить в его же строку, чтобы руками разрулить проблему. Например 'name=version', если этого достаточно для идентификации конкретного пакета. Или 'name=epoch:version', если нужна ещё и эпоха. В качестве примера привёл вариант для firmware-linux.
Я попробую посмотреть код apt, где формируется текст этого сообщения, но, боюсь, изучение с нуля apt и rpm займёт много времени.