Bug 44394 был исправлен в первом приближении, но осталась проблема с проверкой того, что было смонтировано в initrd. В частности, в ситуации, которая описана в том баге, без проверки остаётся /usr. Скопирую сюда https://bugzilla.altlinux.org/44394#c12 для начала:

> Отделять /var идея здравая. И не только /var. А специально обрабатывать
> придётся только то, что решено монтировать в initrd. /var ведь в initrd пока
> нет планов монтировать? :-)

Ну вообще-то make-initrd уже давно не выделяет рут как-то особо. Он монтирует точки монтирования. Если пользователь хочет, то initrd смонтирует ему /home, /var, etc. Хардкода нет.

Продублировать проверку в startup выглядит наипростейшим решением, но я не уверен, что оно правильное.

Дим? Глеб?