Стенд обновлён до Sisyphus:
Education x86-64 (KDE)

Версии: 
alt-customize-branding-1.1.1-alt1
alt-customize-branding-backend-1.1.1-alt1

Шаги:
1) Установить пакеты:
# apt-get install alt-customize-branding alt-customize-branding-backend
2) Запустить из меню приложений: 
Меню -> Системные.

Результат: программы нет в меню приложений.

Есть обходной путь. 
Workaround: выполнить в консоли:
$ kbuildsycoca5 --noincremental
Затем заново открыть меню -> приложение появилось.

Ожидаемый результат: после установки пакетов, пограмма сразу появляется в меню приложений без дополнительных действий.

Проверялось на p10, ошибка вопроизводится (только на p10 Education x86-64 KDE).
Версия: alt-customize-branding-1.1.1-alt1