Не могли бы предоставить более подробную информацию о вашей системе, прикрепив вывод следующих команд: 
$ uname -a
$ cat /etc/os-release
$ apt-repo
$ rpm -qa | grep wine

И чуть более детальнее описать шаги для воспроизведения вашей проблемы с уточнением вопросов: 

* Для какого именно приложения вы пытаетесь эмулировать виртуальный рабочий стол?
* Как запускаете выбранное приложения после настроек в winecfg? 
* "Если эту функцию включить в настройке по умолчанию, она работает" - как именно вы включаете функции в настройку по умолчанию?

Ошибка воспроизводится в p10 и Sisyphus

Версия пакетов для p10: 
wine-7.22.1-alt1.x86_64
winetricks-20220617-alt1.noarch

Версия пакетов для Sisyphus: 
wine-8.0.4-alt1.x86_64
winetricks-20230212-alt1.noarch

Тестовый стенд: ALT Workstation K 10.1 

Шаги для воспроизведения: 
1. В терминале вызвать winecfg: 
$ winecfg 
2. Во вкладке "Приложения" нажать ЛКМ на "Добавить приложение..." -> папка "windows" -> выбрать любое приложение (например, explorer.exe) -> Открыть 
3. Нажатием ЛМП выбрать это приложение в списке, перейти на вкладку "Графика" -> Отметить чекбокс "Эмулировать виртуальный рабочий стол" и установить для него разрешение 1024x720 -> Применить -> ОК 
4. Вызвать приложение explorer в терминале:
$ wine explorer

Ожидаемый результат: приложение открывается с заданным расширением - для него работает эмуляция виртуального рабочего стола
Реальный результат: приложение explorer открывается с разрешением заданным по умолчанию 

Дополнительно: 
* При включении чекбокса "Эмулировать виртуальный рабочий стол" для "Настроек по умолчанию", при вызове приложений появляется фон с заданным разрешением (см. вложение) 
* Проблема актуальна, как для 32-битного префикса, так и для 64-битного

Created attachment 12558 [details]
Эмуляция рабочего стола для "Установки по умолчанию"

Проблема воспроизводится с версией пакетов:
wine-8.14.1-alt2.x86_64
winetricks-20230505-alt1

Дополнительная информация:
Если эмуляцию виртуального рабочего стола выполнить с помощью команды, то она работает:
$ wine explorer /desktop=test,800x600 explorer

wine 9.0.9-alt1
winetricks 20240223-alt1

Ошибка не воспроизводится. После настройки разрешения виртуального рабочего стола через winecfg программы успешно запускаются используя специальное окно эмулирующий рабочий стол

Ошибка воспроизводится по шагам из комментарий #2 как минимум с 64-битным WINEPREFIX.

А при запуске `$ wine explorer /desktop=test,800x600 explorer` приложение открывается на синем фоне указанного разрешения, с заголовком окна в стиле Windows.


[p11] wine-10.12.1-alt1.x86_64
[sisyphus] wine-10.16.1-alt1.x86_64

(winetricks не требуется)

Актуально и для wine-vanilla-10.16-alt2.x86_64.

Ошибка актуальна для версий программ:
wine-11.4.1-alt1
wine-vanilla-11.4-alt1