Стенды, обновленные до sisyphus:
workstation-10.1-x86-64
server-10.1-x86-64

Версия пакета:
yandex-browser-stable=23.3.1.929-alt1
squid-4.15-alt1
mate-control-center-1.26.0-alt4

Шаги воспроизведения:
1) Сервер с настроенным squid
1.1) Настройка сервера
# apt-get install -y squid

# cat > /etc/squid/squid.conf << _EOF_
auth_param negotiate program /usr/lib/squid/negotiate_kerberos_auth -r
auth_param negotiate children 10
auth_param negotiate keep_alive on
acl AUTHENTICATED proxy_auth REQUIRED
acl Safe_ports port 631    # CUPS
acl Safe_ports port 280    # HTTP-MGMT
acl Safe_ports port 210    # WAIS
acl Safe_ports port 591    # Filemaker
acl SSL_ports port 443    # HTTPS (C)
acl Safe_ports port 488    # GSS-HTTP
acl Safe_ports port 21    # FTP
acl Safe_ports port 70    # GOPHER
acl Safe_ports port 777    # Multilingual HTTP
acl Safe_ports port 80    # HTTP
acl Safe_ports port 873    # RSYNC
acl Safe_ports port 1025-65535   # Other ports
acl SSL_ports port 563    # SNEWS (C)
acl Safe_ports port 901    # SWAT
http_access deny !Safe_ports !SSL_ports
acl CONNECT method CONNECT
http_access deny CONNECT !SSL_ports
acl our_networks src 127.0.0.0/8    # LOCALHOST
acl our_networks src 10.0.0.0/8    # Enter your ip-address
http_access deny !our_networks
http_access allow all
http_access deny all
http_port 3128
_EOF_

# systemctl enable --now squid && sleep 5; systemctl status squid

# cat > /etc/httpd2/conf/sites-available/default.conf << _EOF_
<VirtualHost *:80>              
        ServerName $(hostname -i)
        DocumentRoot /var/www/html

        ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
        Redirect /wpad.dat http://$(hostname -i)/proxy.pac
        KeepAlive On
        <Directory "/var/www/html">
          Options -Indexes
        </Directory>
</VirtualHost>
_EOF_

# cat > /var/www/html/proxy.pac << _EOF_
function FindProxyForURL(url, host) {
    return "PROXY $(hostname -i):3128"
}
_EOF_

# echo "application/x-ns-proxy-autoconfig       dat" >> /etc/httpd2/conf/mime.types

# systemctl restart httpd2.service

2) Тестируемая машина, клиент
2.1) Настройка клиента
# apt-get install -y yandex-browser-stable

3) Проверка прокси
3.1) Открыть Меню приложений → Центр управления → Интернет и сеть → Сетевая прокси-служба.
3.2) Выбрать Автоматическая настройка прокси-службы.
3.3) Ввести адрес сервера в поле Адрес (URL) автоконфигурации в формате http://<IP-адрес сервера>/wpad.dat.
3.4) Отслеживать логи на сервере:
   
        # tail -f /var/log/squid/access.log
   
3.5) Открыть Яндекс.браузер, выполнить несколько поисковых запросов.

Ожидаемый результат:
В логах на сервере присутствуют изменения, например:

1674044213.730   2305 10.88.9.74 TCP_TUNNEL/200 4430 CONNECT cdn0.ozone.ru:443 - HIER_DIRECT/185.73.195.91 -

Фактический результат:
Браузер не работает через прокси.

Аналогично, если указывать сервер напрямую в опции Ручная настройка прокси-службы.

Проверялось в p10 (версия браузера: yandex-browser-stable-23.1.2.1033-alt1), ошибка воспроизводится.