Проблема решается следующим действием: sudo ln -s /etc/fonts/conf.avail/10-scale-bitmap-fonts.conf /etc/fonts/conf.d/
Проверено на альт regular gnome

> У меня такая проблема была не только на гноме
Где ещё?

Есть ли какие-то дистрибутивы, которые используют по умолчанию эту настройку?

Как я понимаю, это одна из ошибок, почему не пошел дистрибутив с рабочей станцией на основе Gnome. Как я понимаю, Роман хочет выпустить этот дистрибутив силами Team

В своё время я настраивал fontconfig в installer-feature. Потом это вошло в mkimage-profiles, теперь мои настройки по умолчанию в пакете fontconfig. 

Можете взять себе за основу.
https://packages.altlinux.org/ru/sisyphus/srpms/installer-feature-kdesktop-fontconfig/