Нет. Это решается безопасным извлечением флешки.

а причём тут безопасное извлечение?
если система говорит- готово, скопировано а на самом деле ещё не скопировано.

(Ответ для Антон Мидюков на комментарий #1)
> Нет. Это решается безопасным извлечением флешки.
Дело в том, что извлечение флешки может быть недоступно минут 5, а то и больше, хотя копирование как-бы давно закончилось...
Я думаю этого быть не должно.

(Ответ для vadim на комментарий #2)
> а причём тут безопасное извлечение?
> если система говорит- готово, скопировано а на самом деле ещё не скопировано.

Это называется отложенное копирование. Запись на накопитель остатков производится только при безопасном извлечении. Чем больше оперативной памяти, тем больше остаток. Предлагаемое решение не решает проблему. Уменьшаете размер остатка и надеетесь, что всегда запишется. Но это не так. Будете терять меньше и реже, но будете. Флешка должна извлекаться безопасно, если происходит запись, то будет уведомление об этом (в нормальных DE). Обычно у флешки есть светодиод, лучше ориентироваться на него.

(Ответ для Roman Alifanov на комментарий #3)
> (Ответ для Антон Мидюков на комментарий #1)
> > Нет. Это решается безопасным извлечением флешки.
> Дело в том, что извлечение флешки может быть недоступно минут 5, а то и
> больше, хотя копирование как-бы давно закончилось...
> Я думаю этого быть не должно.

Это всё индивидуально. Что одному хорошо, другому плохо.

  В /etc/udisks2/mount_options.conf добавить sync к defaults:

vfat_defaults=sync,uid=$UID,gid=$GID,shortname=mixed,utf8=1,showexec,flush

  Тогда операция копирования не будет завершена, пока всё не скопируется
  на flash.