Алгоритм кажется понятным:
— вычислить путь, по которому смотрит ссылка напрямую (не проводить каноникализацию, а только первый её шаг);
— сделать относительную ссылку в новом месте, смотрящую по этому пути.
— удалить старую.

usrmerge-0.5-alt1 -> sisyphus:

 Tue Apr 09 2024 Arseny Maslennikov <arseny@altlinux> 0.5-alt1
 - 0.4 -> 0.5; see commit history for details.
   Notably:
   + Taught hier-convert to fix symlinks in unmerged dirs pointing
     to a location which usrmerge maps to itself. (Closes: 49472)
 - Introduced new subpackages:
   + usrmerge-block;
   + usrmerge-ensure.