Версия пакета: gpupdate-0.13.2-alt1

> Фактический результат: Значение в окне параметров kde и
> 'x-scheme-handler/http' ~/.config/mimeapps.list корректно поменялись на
> указанный браузер, однако ссылки по умолчанию открываются в другом браузере
> так как не изменились значения $ grep 'x-scheme-handler/https'
> ~/.config/mimeapps.list и $ xdg-settings get default-web-browser

Сейчас x-scheme-handler настраивается только по http, что и подразумевает политика, насколько я полагаю. Соответственно, xdg-open открывает http в соответствии с настройкой, а https нет.
 342   <policy name="kde-browserapp" class="User" displayName="$(string.kde-browserapp)"
 343     explainText="$(string.kde-browserapp_help)"
 344     presentation="$(presentation.kde-browserapp-pr)"
 345     key="Software\BaseALT\Policies\KDE\mimeapps.list\Default Applications">
 346     <parentCategory ref="system:ALT_Application_KDE" />
 347     <supportedOn ref="system:SUPPORTED_AltP10" />
 348       <elements>
 349         <enum  id="kde-browserapp_setter" valueName="x-scheme-handler/http" required="true">
 350           <item displayName="$(string.kde-browserapp-yandex)">
 351             <value>
 352               <string>yandex-browser.desktop;</string>
 353             </value>
 354           </item>
 355           <item displayName="$(string.kde-browserapp-firefox)">
 356             <value>
 357               <string>firefox.desktop;</string>
 358             </value>
 359           </item>
 360           <item displayName="$(string.kde-browserapp-chromium)">
 361             <value>
 362               <string>chromium-gost.desktop;</string>
 363             </value>
 364           </item>
 365         </enum>
 366       </elements>
 367     </policy>

Нужно в этой политике дополнительно настраивать x-scheme-handler/https тем же значением, что и x-scheme-handler/http
Пример:
$ cat .config/mimeapps.list:
[Default Applications]
x-scheme-handler/http=firefox.desktop;
x-scheme-handler/https=firefox.desktop; 

В таком случае всё работает так, как и ожидается.

Версии пакетов:
gpupdate-0.13.4-alt1
admx-basealt-0.6.0-alt1.noarch

Ошибка частично воспроизводится. Если сразу после выбора нужного браузера в политике и перезагрузки попытаться открыть ссылку, то она откроется в браузере который был по умолчанию до этого, но если вручную открыть его, то все начинает работать как надо. В p11 и sisyphus работает только mozzila firefox и yandex browser. А Chromium-gost был удален из p11 в задании 379038, из sisyphus в задании 389560

admx-basealt-0.7.0-alt1
gpupdate-0.14.0-alt1

Ошибка актуальна. 

Если добавить строку в ~/.config/mimeapps.list как указано в комментарии 1:

> Нужно в этой политике дополнительно настраивать x-scheme-handler/https тем же значением, что и x-scheme-handler/http

То начинает открываться браузер, установленный групповой политикой.