После запуска synaptic:
$ sudo lslk|grep synaptic
synaptic     6602 3,1  8467649 17301504  w 0  0  0   0   0 /var/lib/rpm/Packages

В процессе применения изменений (удаление 1 пакета):
$ sudo lslk|grep synaptic
synaptic     6602 3,1  8890292        0  w 0  0  0   0   0 /var/cache/apt/
archives/lock
synaptic     6602 3,1  8467649 17301504  w 0  0  0   0   0 /var/lib/rpm/Packages

По окончании применения изменений:
$ sudo lslk|grep synaptic
synaptic     6602 3,1  8890292  0  w 0  0  0   0   0 /var/cache/apt/archives/
lock

Таким образом, блокировка rpmdb пропадает после 1-го применения изменений. Я не 
уверен, нужна ли synaptic вообще эта блокировка в период, когда пользователь 
смотрит список пакетов и отмечает изменения, но в период применения изменений 
эта блокировка все же должна быть (а она не возвращается во время последующих 
применений).