Да, я знаю, что так делать не надо, а правильно разворачивать заново, но вот я здесь и я попробовал.

Был у меня nspawn-контейнер на p10, я попытался переехать на p11. При установке возникла проблема:

[...]
  2: filesystem-3.1-alt1
error: unpacking of archive failed on file /proc: cpio: chown
error: filesystem-3.1-alt1.x86_64: install failed
[...]
There are broken packages. Run `check' to see them.
You can try to fix them automatically with `install --fix-broken'.
E: Some errors occurred while running transaction

То есть, уже при установке пакета возникла проблема с распаковкой rpm; при этом apt-rpm оставил всё как есть и продолжил устанавливать остальные пакеты (в базе rpm осталась установленной filesystem 2), и успешно их установил. Usrmerge до этого прошёл успешно.