Проблему воспроизвел, посмотрю.
А где можно посмотреть логи сборки/настройки/ что-то типа спека из gentoo?

(Ответ для nbr на комментарий #1)
>  Проблему воспроизвел, посмотрю.
> А где можно посмотреть логи сборки/настройки/ что-то типа спека из gentoo?

https://bugzilla.altlinux.org/52666

Там интересно:
options+=(
		--disable-editline
		$(use_enable readline)
	)

У нас нет --disable-editline. Возможно, это оно мешается.

(Ответ для Andrew Savchenko на комментарий #2)
> У нас нет --disable-editline. Возможно, это оно мешается.

Попробовал, не помогает. По логу сборки видно, что и без этой опции editline отключен.

Пробовал включить поддержку icu:

--- a/sqlite3.spec
+++ b/sqlite3.spec
@@ -18,7 +18,7 @@ Patch3: 0003-FEDORA-ALT-datetest-2.2c.patch
 Patch5: 0005-ALT-run-func7-pg-181-test-only-on-x86_64.patch

 BuildRequires(Pre): tcl-devel
-BuildRequires: libreadline-devel
+BuildRequires: libreadline-devel libicu-devel
 # need for test
 BuildRequires: zlib-devel unzip

@@ -116,6 +116,7 @@ export CFLAGS="%optflags \
        -DSQLITE_ENABLE_FTS3_PARENTHESIS \
        -DSQLITE_ENABLE_FTS4 \
        -DSQLITE_ENABLE_FTS5 \
+       -DSQLITE_ENABLE_ICU \
        -DSQLITE_ENABLE_RTREE \
        -DSQLITE_ENABLE_UNLOCK_NOTIFY \
        -DSQLITE_SECURE_DELETE \
@@ -127,6 +128,7 @@ cc --version | grep -q '^lcc:1.21' || export CFLAGS+="-D__INTEL_COMPILER=1"
 autoreconf -i
 %tea_patch
 %configure \
+       LIBS="$(pkg-config --libs icu-io)" \
        %{subst_enable static} \
        --disable-amalgamation \
        --enable-fts3 \

Не помогло. Судя по коду, это использование icu в процессе работы самого движка (но детально я не изучал).

Помогло использование rlwrap:
$ rlwrap -a sqlite3

В других приложениях с поддержкой readline я проблем с русским не замечал. Возможно, sqlite3 как-то криво его использует/инициализирует.