Он не предоставляет dnsmasq, следовательно
Provides: dnsmasq = %EVR
быть не может в принципе.

  Он именно что предоставляет /usr/bin/dnsmasq, поэтому и
Conflicts: dnsmasq

Да, конфликт надо как-то по-другому сделать...

pi-hole-ftl-6.0.4-alt2 -> sisyphus:

 Fri Mar 14 2025 Andrew A. Vasilyev <andy@altlinux> 6.0.4-alt2
 - fix wrong Provides (ALT #53462)

Симлинк /usr/bin/dnsmasq -> pihole-FTL действительно нужен?
pihole-FTL может собой заменить dnsmasq?

Сейчас никуда не годится. Проблема осталась:
$ apt-cache whatdepends dnsmasq
dnsmasq-2.90-alt4:sisyphus+372014.100.1.1@1738088543
  openresolv-dnsmasq-3.13.2-alt2:sisyphus+369415.100.1.1@1736791734
    Depends: dnsmasq >= 2.65-alt1
  lxc-net-6.0.3-alt2:sisyphus+375882.100.1.1@1740389251
    Depends: dnsmasq
  kvmd-3.313-alt2:sisyphus+377090.100.1.1@1741264545
    Depends: dnsmasq
  pve-network-0.10.0-alt2:sisyphus+372014.200.1.1@1738088625
    Depends: dnsmasq
  pve-lxc-6.0.0-alt2:sisyphus+356650.100.1.1@1725292290
    Depends: dnsmasq
  pi-hole-ftl-6.0.4-alt2:sisyphus+377984.100.1.1@1741963935
    Conflicts: dnsmasq
  lxd-5.21.1-alt1:sisyphus+347632.4200.13.1@1719838393
    Depends: dnsmasq
  libvirt-daemon-driver-network-11.0.0-alt1:sisyphus+372259.100.1.1@1738337810
    Depends: dnsmasq
  incus-6.9.0-alt1:sisyphus+372061.200.3.1@1738266145
    Depends: dnsmasq
  cni-plugin-dnsname-1.3.1-alt1:sisyphus+290908.100.1.1@1638121980
    Depends: dnsmasq
  NetworkManager-1.52.0-alt1:sisyphus+376646.100.1.1@1740932676
    Depends: dnsmasq

Исправлять все эти пакеты?

*** Bug 53460 has been marked as a duplicate of this bug. ***

(Ответ для Антон Мидюков на комментарий #5)
> Симлинк /usr/bin/dnsmasq -> pihole-FTL действительно нужен?
> pihole-FTL может собой заменить dnsmasq?

  Это "dnamasq dropin support", например, в AUR:
conflicts=('dnsmasq')
provides=('dnsmasq')

  При этом, "FTLDNS will *disable* any existing installations of `dnsmasq`.
This is because FTLDNS *is* `dnsmasq` + Pi-hole's code, so both cannot 
run simultaneously."

  
  Я же сделал только Conflicts: dnsmasq и никто не мешает установить
  и использовать обычный dnsmasq.

(In reply to Andrew Vasilyev from comment #7)
> (Ответ для Антон Мидюков на комментарий #5)
> > Симлинк /usr/bin/dnsmasq -> pihole-FTL действительно нужен?
> > pihole-FTL может собой заменить dnsmasq?
> 
>   Это "dnamasq dropin support", например, в AUR:
> conflicts=('dnsmasq')
> provides=('dnsmasq')
> 
>   При этом, "FTLDNS will *disable* any existing installations of `dnsmasq`.
> This is because FTLDNS *is* `dnsmasq` + Pi-hole's code, so both cannot 
> run simultaneously."
> 
>   
>   Я же сделал только Conflicts: dnsmasq и никто не мешает установить
>   и использовать обычный dnsmasq.

Целая куча пакетов мешает. Что с ними делать прикажете?

(Ответ для Andrew Vasilyev на комментарий #7)
>   Я же сделал только Conflicts: dnsmasq и никто не мешает установить
>   и использовать обычный dnsmasq.
Пакет pi-hole-ftl мешает, т.к. *портит автоматические зависимости при сборке _любых_ пакетов*. Такое однозначно надо убирать.

А вот, пользователю пакета pi-hole-ftl, как раз, ничего не мешает настроить систему так, как ему нужно и без порчи остального репозитория пакетов.

По хорошему надо:
* убрать /usr/bin/dnsmasq
* пересобрать всех, кто зацеплися, можно самостоятельно

pi-hole-ftl-6.0.4-alt3 -> sisyphus:

 Mon Mar 17 2025 Andrew A. Vasilyev <andy@altlinux> 6.0.4-alt3
 - drop dnsmasq dropin support (ALT #53462)