Вы меняете пользовательские настройки. А нужно менять через gdm-settings.

Дополню что в gdm-settings есть возможность в один клик синхронизировать параметры мониторов в системными.

Created attachment 18135 [details]
ошибка

через gdm-settings при нажатии кнопки "Применить" получаю ошибку

Как быть с этой проблемой? Настройка через "Настройка GDM" не применяется...

Настраивал на "чистой" установке, монитор 4K, масштаб 200%

1. Установить пакет systemd-container;
2. Установить GdmSettings (использовал flatpak);
3. Включить дробное масштабирование, в редакторе dconf по пути: org.gnome.mutter.experimental-features включить scale-monitor-framebuffer;
4. В настройках Gnome указать масштаб, выйти и войти в систему;
5. Открыть GdmSettings, на вкладке "Дисплей", в пункте "Применить текущие настройки отображения" нажать кнопку "Применить";
6. Нажать кнопку "Применить" в главном окне программы, выйти и войти в систему;
7. При необходимости выключить дробное масштабирование в редакторе dconf.

(Ответ для Vitaliy Smagin на комментарий #6)
> Настраивал на "чистой" установке, монитор 4K, масштаб 200%
> 
> 1. Установить пакет systemd-container;
> 2. Установить GdmSettings (использовал flatpak);
> 3. Включить дробное масштабирование, в редакторе dconf по пути:
> org.gnome.mutter.experimental-features включить scale-monitor-framebuffer;
> 4. В настройках Gnome указать масштаб, выйти и войти в систему;
> 5. Открыть GdmSettings, на вкладке "Дисплей", в пункте "Применить текущие
> настройки отображения" нажать кнопку "Применить";
> 6. Нажать кнопку "Применить" в главном окне программы, выйти и войти в
> систему;
> 7. При необходимости выключить дробное масштабирование в редакторе dconf.

Установка systemd-container помогла, всё заработало!

Рекомендуемый к установке реально решает проблему с масштабированием, но почему - то его не включают базовую поставку дистрибутива.
Да же спустя год после озвучивания данной темы, пакет не появился. Проверил в 11.2 beta 3, он отсутствует.
Просьба включить пакет в базовую поставку дистрибутива.

Приложение gdm-settings использует machinectl в https://github.com/gdm-settings/gdm-settings/blob/8c5f90b7c58587e2967934db240061b850cd4b6b/gdms/settings.py#L645 для применения изменений из-под пользования gdm. Эта утилита предоставляется пакетом systemd-container, думаю логично будет добавить ее в runtime зависимости для gdm-settings.