Посмотрите как сделано в gnome-terminal и предложите свой патч в апстрим gnome-console.

Нужно исправить обязательно до того, как захотим обновить gnome 47 -> 48.
Потому что вместе с virt-manager приезжает vte3, который в версии 80 содержит в себе такие симлинки, что будет приводить к выбору не того терминала.

1) я уже сказал, что вам нужно сделать.
2) вы выбрали вместо прекрасного gnome-terminal убогую консоль.
3) накостылить вожделенный симлинк вы можете отдельно, в к-н вашем брендинге, например.

(Ответ для Yuri N. Sedunov на комментарий #3)
> 1) я уже сказал, что вам нужно сделать.

Да, спасибо. Так и нужно сделать.
Я это написал только для того, чтобы показать актуальность исправления.

Актуально для gnome-console 50.0-alt1: файла /usr/share/xdg-terminals/org.gnome.Console.desktop в пакете по-прежнему нет.