А с чего вы взяли, что это ошибка, а не ожидаемое поведение?

Приложение:
1. не является операционной системой (это не системное окно ввода пароля)
2. работает в оконном (не полноэкранном) режиме, предназначено для оконного режима - предполагается, что его дочерние окна могут блокировать только его родительские, а не внешнее окружение
3. не предназначено для блокировки рабочего стола

(Ответ для Alex85 на комментарий #0)
> В файловом менеджере Gnome при копировании, слева внизу окна появляется
> статус копирования, кликнув на который открывается окно с информацией о
> копировании (скорость, время, прогресс бар). При этом рабочий стол
> становится неактивным (например ярлыки в панели задач не кликабельны).
> Закрыть его получается только кликнув на родительское окно.

Приложите, пожалуйста, пример некорректного поведения. По вашему описанию ошибка не воспроизводится, значки рабочего стола неактивны только при наведении курсора на них и становятся активными после первого клика в любое свободное пространство на рабочем столе(при этом закрывается окно с информацией о копировании). 

Такое поведение происходит в принципе при любом активном диалоговом окне не только в файловом менеджере, но и везде, поэтому не совсем понятно, то же ли самое это поведение.

Когда окно копирования открыто:
1. оно закрывается только нажатием на родительское окно
2. не кликабельны / недоступны / не срабатывает анимация "подсвечивания" и подсказки при наведении у: 
-вся нижняя панель (выбран классический дизайн панели как в Mate), т.е.:
   -свернутые окна и закрепленные кнопки программ favorites, 
   -кнопка открытия списка программ, 
   -все иконки в трее,
-рабочего стола (иконки, выделение, меню на правой кнопке мыши)

Возможно связано с https://bugzilla.altlinux.org/54757 - не подгружается драйвер Vulkan Radv?

Ошибка присутствует частично. Поведение из п1 не воспроизводится.
 
(Ответ для Alex85 на комментарий #4)
> Когда окно копирования открыто:
> 1. оно закрывается только нажатием на родительское окно

Окно копирования закрывается в случаях:
    1. Нажатие Esc
    2. Кнопка "Отмена" или "Закрыть"
    3. Щелчок по рабочему столу
    4. Нажатие на родительское окно.
Взаимодействие с рабочим столом корректное.

2 пункт воспроизводится. Плюсом ко всему блокируется переключение между окнами(alt+tab).

Дополнительно: воспроизводится на Sisyphus.

Дополнение: в режиме "GNOME на Xorg" нет проблем с блокировкой рабочего стола и окно копирования закрывается при клике в любом месте. Иконки панели задач подсвечиваются с открытым окном копирования.