(Ответ для nik на комментарий #0)
> Файл /sbin/mkhomedir_helper принадлежит пакету pam-1.6.1-alt1.E2K.1.e2kv5
Посмотрел -- сборка отличается от pam-1.6.1-alt1 патчем МЦСТ, поскольку на эльбрусе несколько стеков; возможно, надо патчить и mkhomedir.

Илья, гляньте, вдруг получится нашими силами что-то тут понять.

(In reply to nik from comment #0)
> В journalctl фиксируется событие: 
> May 14 21:00:47 alt-16c mkhomedir_helper[84656]: PAM unable to change perms
> on directory /home/test: Operation not supported
> 
> Но по strace я не увидел что бы на каком-то системном вызове возникала
> ошибка.
> 
> То ли в самом бинарнике ошибка, то ли  что-то с настройками не доделали. Но
> без исходника – только гадать.

В апстримном PAM этот код выглядит следующим образом:

   if (fchmodat(parent->fd, dest, dir_mode, AT_SYMLINK_NOFOLLOW) != 0 ||
       fchownat(parent->fd, dest, pwd->pw_uid, pwd->pw_gid,
                AT_SYMLINK_NOFOLLOW) != 0)
   {
      pam_syslog(NULL, LOG_DEBUG,
                 "unable to change perms on directory %s/%s: %m",
                 parent->path, dest);
      retval = PAM_PERM_DENIED;
   }

Если у вас работает этот код, то я бы предположил, что проблема либо в ядре, либо в libc.

В переданных исходниках работает такой код:

    if (fchmodat(parent->fd, dest, dir_mode, AT_SYMLINK_NOFOLLOW) != 0 ||
        fchownat(parent->fd, dest, pwd->pw_uid, pwd->pw_gid,
                 AT_SYMLINK_NOFOLLOW) != 0)


Был написан небольшой тест, который вызывает данный вызов и проверен на 
alt 10.2 SP (8СВ) - glibc 2.29  ( Эльбрус)

redhat 9.5 - glibc 2.34  (x86)

На x86 тестовый код отрабатывает без ошибок, на эльбрусах вызов fchmodat вызыват ошибку  : Operation not supported


Обнаружено, что  в redhat в файле mkhomedir_helper.c не используются вызовы функций fchownat и fchmodat. вместо них используются chown и chmod

    if (chmod(dest, 0777 & (~u_mask)) != 0 ||
        chown(dest, pwd->pw_uid, pwd->pw_gid) != 0)


Ошибку можно исправить, используя вместо fchownat и fchmodat - chown и chmod соответственно.

Тестовый файл в attach.

Created attachment 18474 [details]
тестовый пример

(In reply to nik from comment #3)
> В переданных исходниках работает такой код:
> 
>     if (fchmodat(parent->fd, dest, dir_mode, AT_SYMLINK_NOFOLLOW) != 0 ||
>         fchownat(parent->fd, dest, pwd->pw_uid, pwd->pw_gid,
>                  AT_SYMLINK_NOFOLLOW) != 0)
> 
> 
> Был написан небольшой тест, который вызывает данный вызов и проверен на 
> alt 10.2 SP (8СВ) - glibc 2.29  ( Эльбрус)
> 
> redhat 9.5 - glibc 2.34  (x86)
> 
> На x86 тестовый код отрабатывает без ошибок, на эльбрусах вызов fchmodat
> вызыват ошибку  : Operation not supported

Очевидно, ошибка специфична для эльбруса, точнее говоря, для связки тамошних kernel+glibc, поскольку в тестовом примере ничего, кроме них и компилятора, не используется.

Для справки, вот апстримный коммит из PAM v1.6.0, от которого на эльбрусе такие сложности: https://github.com/linux-pam/linux-pam/pull/638/commits/12e829094b0ee4f16b716285684e1a0df4541910

Полагаю, что багрепорт можно смело перевешивать с пакета pam на эльбрус.

Благодарю за разбор; упомянутый коммит откатывать даже под %ifarch %e2k неохота в силу полезности изменения, повесил mcst#9485 с выдержкой и примером отсюда.

Воспроизводится на текущих ядре 5.10-1.40 и glibc 2.29-26.020 из p10_e2k;
не воспроизводится на 6.1-1.2 и 2.35-2.29.006 из нынешнего sisyphus_e2k.

Ответ МЦСТ:

---
Данные функции реализованы в ванильном glibc, начиная с glibc-2.32.
---

Здесь вылезла интересная коллизия: в p10 именно glibc 2.32, а в p10_e2k -- 2.29
(сообразно доступной стабильной версии системы программирования на момент решения по выбору/обновлению оной).

Видимо, для p10_e2k придётся форкнуть pam, откатив конкретно этот коммит.

(Ответ для Michael Shigorin на комментарий #7)
> Видимо, для p10_e2k придётся форкнуть pam, откатив конкретно этот коммит.
Поправочка: он и так форк, а коммиты (7 шт по апстримной issue 638)
так просто не откатить уже; придётся разбираться.