Добрый день!
Согласно документации, для групповых политик управления файлами https://docs.altlinux.org/ru-RU/domain/10.4/html/group-policy/files.html источник файла "может представлять полный путь UNC, или локальный путь, или сопоставленный диск со стороны клиента". 
То есть пути вида "\\TEST.ALT\sysvol\test.alt\scripts\domain-based-url.txt"должны обрабатываться корректно.

Если это не так, то прошу сообщить дополнительную информацию:
1. Конфигурацию домена (ОС, репозиторий, версии пакетов(samba, gpupdate, admx-basealt) на контроллере домена и клиентах).
2. Точные шаги для воспроизведения ошибки.
3. Дополнительную информацию, которая может помочь воспроизвести ошибку.

Приведу пример настройки машинных политик для копирования файла с контроллера домена на клиенты:
1. На контроллере домена существует файл /var/lib/samba/sysvol/samba.testdomain/test.txt
2. В gpui предварительно включены политики:
Компьютер -> Административные шаблоны -> Система ALT -> Групповые политики -> Эксперементальные групповые политики -> Включено
Компьютер -> Административные шаблоны -> Система ALT -> Групповые политики -> Механизмы GPUpdate -> Управление копированием файлов -> Включено
Компьютер -> Административные шаблоны -> Система ALT -> Групповые политики -> Механизмы GPUpdate -> Управление копированием файлов для пользователей -> Включено
3. В gpui открыть политику Компьютер -> Настройки -> Настройки системы -> Файлы
4. Настроить файл:
Действие: Создать
Источник файла: \\SAMBA.TESTDOMAIN\sysvol\samba.testdomain\test.txt
Место назначения: /var/test.txt
5. Можно также указывать конкретный узел 
Действие: Создать
Источник файла: \\DC.SAMBA.TESTDOMAIN\sysvol\samba.testdomain\test.txt
Место назначения: /var/test2.txt

После выполнения gpupdate или перезагрузки системы на клиентах появляются файлы /var/test.txt и /var/test2.txt

Для пользовательской политики копирования файлов существует известная ошибка https://bugzilla.altlinux.org/47777, возможно вам поможет

Любые конфигурации, любого домена (samba, ad) - не работает и никогда не работало. gpupdate это не умеет

(Ответ для Anton Shevtsov на комментарий #2)
> Любые конфигурации, любого домена (samba, ad) - не работает и никогда не
> работало. gpupdate это не умеет

По вышеописанным шагам у вас не работает?

(Ответ для Kostevich Arseniy на комментарий #3)
> (Ответ для Anton Shevtsov на комментарий #2)
> > Любые конфигурации, любого домена (samba, ad) - не работает и никогда не
> > работало. gpupdate это не умеет
> 
> По вышеописанным шагам у вас не работает?

Нет. Можете проверить.

Перепроверил поведение по указанным шагам и столкнулся с плавающей ошибкой https://bugzilla.altlinux.org/54788
В остальном пути обрабатываются без ошибок.

В таком случае жду от вас информацию.
> Если это не так, то прошу сообщить дополнительную информацию:
> 1. Конфигурацию домена (ОС, репозиторий, версии пакетов(samba, gpupdate,
> admx-basealt) на контроллере домена и клиентах).
> 2. Точные шаги для воспроизведения ошибки.
> 3. Дополнительную информацию, которая может помочь воспроизвести ошибку.

domain based не будет работать, если стоит  restrict anonymous = 2 в секции [global]