Если бы вы предложили приемлемый синтаксис для usermod(8), то я бы подумал над
реализацией.

Дело в том, что "usermod -Ga" - это сейчас корректная операция (добавление в
список групп, состоящих из одной лишь группы "a"), из-за чего "usermod -Ga group
user" становится синтаксически слишком сложной.

Ничего приличного в голову не приходит, Вы правы.
Как вариант, можно расширить функциональность groupmod -- там с параметрами
намного проще.
В FreeBSD, например, можно пользоваться pw(8), где и присутствуют usermod,
groupmod -- аналоги linux-версий. Там можно использовать
pw groupmod <group> -m <user>:
-m newmembers  Similar to -M, this option allows the addition of existing
                    users to a group without replacing the existing list of
                    members.  Login names or user ids may be used, and dupli-
                    cate users are silently eliminated.

В groupmod(8) из pwdutils это сделано так:

-A, --add-user user
       Add the user account to the specified group.

-R, --remove-user user
       Remove the user account from the specified group.

Томожу.

gpasswd -a user group
gpasswd -d user group

Пакет shadow-groups.