Мне почему-то кажется, что это возможно вопрос больше к самому КДЕ, а если быть точнее его меню приложений/меню пуск если хотите, но это не точно. 

К примеру если сделать приложение, а потом отправить ярлык на рабочий стол, то на рабочем столе создастся симилинк Яндекс, если потом поменять в webapp-manager название на Яндекс123 то по F5 на рабочем столе оно поменяется, то есть симилинк будет правильный, а вот в самом меню, как вы и сказали, имя останется старое.

Тоже самое с удалением, после удаления симилинк с рабочего стола никуда не ведет, а в меню оно как бы остается, при этом если нажать правой мышкой Изменить приложение, то там будет пусто, и в самом редакторе меню позиции с этим Яндекс123 не будет.

Created attachment 19227 [details]
screen.png

Да и справедливости ради, оно по идее должно было измениться, судя по редактору меню КДЕ

Created attachment 19228 [details]
file.png

собственно само содержимое ярлыка

почему не происходит автообновление в самой плазме, я к сожалению не знаю.

но судя из того, что я вижу, оно должно было поменятся.

webapp-manager-1.4.2-alt2 -> sisyphus:

Thu Aug 07 2025 Aleksandr Shamaraev <shad@altlinux> 1.4.2-alt2
- Fix refresh update *.desktop file in application menu on KDE (ALT #55393)

В Меню приложений не изменяется имя после редактирования.

Версия пакета: webapp-manager-1.4.3-alt1

Платформы, обновленные до Sisyphus:
ALT Education 11.0-x86_64-kde
ALT Workstation K 11.0-x86_64
ALT Workstation 11.0-x86_64

Шаги к воспроизведению:
1. Установить пакет:
    # apt-get install webapp-manager -y
2. Запустить менеджер веб-приложений:
    $ webapp-manager
3. Нажать Добавить (+)
4. Пример:
    Имя: Яндекс
    Адрес: https://ya.ru
5. Нажать ОК
6. Проверить отображение и запуск веб-приложения "Яндекс" в Меню приложений:
    Меню приложений -> Веб (на xfce Прочие) -> Яндекс
7. Перейти в менеджер. Нажать Изменить (значок карандаша внизу). Изменить имя, например, на "Яндекс123". Нажать ОК
8. Проверить отображение и запуск в Меню приложений (см. шаг 6)

Ожидаемый результат: На шаге 8 изменится имя в Меню приложений на "Яндекс123".
Реальный результат: Имя на 8 шаге не меняется.

Дополнительная информация: 
На платформе ALT Education 11.0-x86_64-XFCE все отрабатывает корректно

(Ответ для Ищенко Максим Валентинович на комментарий #5)

я так и не понял, в каком DE не работает?

(Ответ для Aleksandr Shamaraev на комментарий #6)
> (Ответ для Ищенко Максим Валентинович на комментарий #5)
> 
> я так и не понял, в каком DE не работает?

В версии 1.4.2-alt2 из р11 этой ошибки нету
появляется при обновлении до webapp-manager-1.4.3-alt1
ALT Education 11.0-x86_64-kde
ALT Workstation K 11.1.1-x86_64

(Ответ для Ищенко Максим Валентинович на комментарий #7)
> В версии 1.4.2-alt2 из р11 этой ошибки нету
> появляется при обновлении до webapp-manager-1.4.3-alt1
> ALT Education 11.0-x86_64-kde
> ALT Workstation K 11.1.1-x86_64

На ALT Workstation K 11.1.1 не воспроизводится данная ошибка, имя меняется нормально. Да и справедливости ради между 1.4.2 и 1.4.3 там особо разницы нет, там затрагиваются в основном локали при обновлении, как таковой "движок" там не затрагивается.

Вы не пробовали обновить машину и потом перезагрузить ее?

ALT Education 11.0 завтра скачаю посмотрю

Скачал ALT Education 11.0, установи на виртуалку, обновил, установи версию из репозитория, все работает, поставил все из задания, проверил, все работает.

У меня не воспроизводится поведение как у Вас.