Чтобы класть initscripts, надо положить туда какой-нибудь вменяемый конфиг. И
при этом помнить, что конфиг имеет все шансы конфликтовать с апачем.

Как бороться?

В /etc/init.d должен быть mathopd, и про него должно быть сказано chkconfig
--add mathopd и chkconfig mathopd off. Дефолтный конфиг нацеливать на /var/www.
Тогда пользователь, решивший, что apache -- это слишком сильно, а mathopd --
самое то, просто сделает chkconfig apache off; chkconfig mathopd on.
(Инитскрипт свой могу прицепить. Он простой, но заставлять пользователя его
писать всё равно негуманно).

Fixed in mathopd-1.5p4-alt1.