Версии пакетов:
gpupdate-0.15.0-alt1
gpui-0.2.55-alt1

Пример воспроизведения проблемы спецсимвола ";":
1) Система введена в Samba домен. В GPUI открыть для редактирования GPO, настроить политику для создания Ini-файла: Компьютер -> Настройки -> Настройки Системы -> Ini файлы -> ПКМ по пустому пространству справа -> Новый Ini файл:

Действие: Создать
Путь к файлу: /var/test.ini
Имя секции: common
Имя свойства: name
Значение свойства: a;1

2) Обновить политики, просмотреть содержимое созданного файла: 
# gpupdate -t COMPUTER && cat /var/test.ini

Содержимое:
[common]
name = a;1

3) Изменить политику этого Ini файла:
Действие: Заменить (также воспроизводится с Обновить)
Значение свойства: b

4) Обновить политики и посмотреть содержимое:
# gpupdate -t COMPUTER && cat /var/test.ini

Ожидаемый результат:
[common]
name = b

Фактический результат:
[common]
name = b;1

То есть, в файле остаётся ";1". Если смотреть шире, корень проблемы кажется в том, что нет единого подхода к обработке спецсимволов. В некоторых случаях (как в описанном выше), gpupdate записывает значения в сыром виде как есть, в других - пытается применять правила. Примеры такого:

Введено     | Записано
------------+--------------
"тест"      | "'тест'"
"те'ст"     | "'те'ст'"
["тест"]#=; | "['тест']#=;"