На текущий момент, если апстрим выставляет собственные RUSTFLAGS, например через конфигурацию, нет способа прочитать эти флаги и объединить с теми, что выставляет мейнтейнер без патчинга сборочной конфигурации.

Было бы здорово, если бы такой способ был, но на текущий момент команда cargo config get, которая позволяет получить доступ к выставленным флагам является нестабильной.

Варианта решения проблемы три:
1. Включаем RUSTC_BOOTSTRAP, как это делают в Федоре, но включение данной фичи может иметь неприятные сторонние эффекты, так как данная переменная создана исключительно для сборки самого rustc, о чём разработчики пишут везде.
2. Написать собственный парсер конфигурации.
3. Ждать пока данный функционал стабилизируется или посодействовать стабилизации.

Ссылка на источник где проявилась проблема: https://packages.altlinux.org/ru/sisyphus/srpms/lore/specfiles/

Ссылка на issue по стабилизацию cargo config: https://github.com/rust-lang/cargo/issues/9301