Некоторые апстримы самостоятельно вендорят некоторые зависимости и патчат их.
Когда cargo-vendor-alt завершает свою работу он принудительно удаляет старый vendor, таким образом все патчи разработчиков теряются, что может привести к неожиданным проблемам при эксплуатации приложения.

Другим негативным эффектом является то, что если апстрим ссылается в cargo.toml на зависимость из vendor/, то вендоринг падает. Некоторые мейнтейнеры для обхода этой проблемы костылят дополнительную логику поверх cargo-vendor-alt, с перемещением апстримной зависимости во временные папки.

К сожалению на текущий момент cargo-vendor-filterer не умеет самостоятельно очищать vendor/ от нерелевантных артефактов в отличие например от обычного cargo vendor.

Однако cargo vendor-filterer учитывает локальные зависимости из других путей и не пытается вендорить их самостоятельно если они уже есть.

Я написал следующий скрипт, который успешно вендорит зависимости оставляя оригинальные апстримный вендор для lore:
mkdir -pv upstream_vendor
mv -v vendor/quinn-proto upstream_vendor/quinn-proto
sed -i 's|quinn-proto = { path = "vendor/quinn-proto" }|quinn-proto = { path = "upstream_vendor/quinn-proto" }|' Cargo.toml
rm -rv vendor/
cargo vendor-filterer  --all-features \
    --platform=aarch64-unknown-linux-gnu \
    --platform=armv7-unknown-linux-gnueabihf \
    --platform=loongarch64-unknown-linux-gnu \
    --platform=i686-unknown-linux-gnu \
    --platform=powerpc64le-unknown-linux-gnu \
    --platform=riscv64gc-unknown-linux-gnu \
    --platform=x86_64-unknown-linux-gnu \
    --platform=wasm32-unknown-unknown | sed "s|directory = \".*\"|directory = \"$_VENDOR_PATH\"|g" >> "_vendor_source.toml"
mv -v "_vendor_source.toml" "${_VENDOR_PATH}/vendor_source.toml"
sed -i 's|quinn-proto = { path = "upstream_vendor/quinn-proto" }|quinn-proto = { path = "vendor/quinn-proto" }|' Cargo.toml
mv -v upstream_vendor/quinn-proto vendor/quinn-proto

Было бы очень здорово добавить механизм сохранения апстримного vendor либо научить cargo vendor-filterer самостоятельно очищать нерелевантные зависимости на основе конфигурации Cargo.