После появления bouncycastle-1.84-alt1 в Sisyphus обычный apt-get dist-upgrade завершается ошибкой файлового конфликта с bouncycastle1.65.

До обновления в системе одновременно установлены:

$ rpm -q bouncycastle bouncycastle1.65
bouncycastle-1.80-alt1.noarch
bouncycastle1.65-1.65-alt4_4jpp11.noarch

Оба установленных пакета владеют одним и тем же файлом:

$ rpm -qf /etc/java/security/security.d/2000-org.bouncycastle.jce.provider.BouncyCastleProvider
bouncycastle1.65-1.65-alt4_4jpp11.noarch
bouncycastle-1.80-alt1.noarch

bouncycastle1.65 также не является бесхозным пакетом:

$ rpm -q --whatrequires bouncycastle1.65
bouncycastle1.65-pkix-1.65-alt4_4jpp11.noarch

При обновлении bouncycastle-1.80-alt1 до bouncycastle-1.84-alt1 транзакция завершается ошибкой:

файл /etc/java/security/security.d/2000-org.bouncycastle.jce.provider.BouncyCastleProvider из устанавливаемого пакета bouncycastle-0:1.84-alt1.noarch конфликтует с файлом из пакета bouncycastle1.65-0:1.65-alt4_4jpp11.noarch
E: Ошибка во время исполнения транзакции

В результате обновление Sisyphus через apt-get dist-upgrade невозможно выполнить.

Похоже, что bouncycastle-1.80 и bouncycastle1.65 могли сосуществовать с общим файлом, однако после обновления до bouncycastle-1.84 содержимое или метаданные этого файла изменились, вследствие чего RPM теперь обнаруживает файловый конфликт.

rpm -q --whatrequires bouncycastle1.65-pkix
bouncycastle1.65-mail-1.65-alt4_4jpp11.noarch
itext-core-2.1.7-alt8.noarch