подтверждаю,
проявляется только при запуске под xterm и только приложения работающего с мышью.

Это бага не наша, а upstream, поэтому буду разбираться где и когда именно
произошла поломка.

Вообще-то из konsole тоже. 

я это понимаю, главное что под X-вым терминалом.
upstream пофиксил эту багу ;)