/etc/cron.daily/alterator-apt молча раз в сутки делает apt-get update, что недопустимо в условиях оплаты траффика и/или узкого канала. Да ещё и базу лочит.
А если база не обновилась, все индексы удаляются.
раньше был такой apt-indicator, он в трее сидел и давал информацию о текущих процессах обновления, а так же возможность вручную их сделать. можно было бы его (или подобное) вернуть и дать пользователю настраивать через него - надо ему раз в сутки чего обновлять или нет.. или ему надо иначе.
больше alterator-apt в лице alterator-pkg так делать не будет ;)