Сразу пример: # apt-get install /bin/rm=6.11 Reading Package Lists... Done Building Dependency Tree... Done Selecting coreutils for '/bin/rm=6.11' E: Version ='s' for 'coreutils' was not found Проблема в apt-get.cc::DoInstall() при обработке /some/file. char *VerTag смотрит на временный буфер с копией command line аргумента, при обработке /some/file в этот же временный буфер копируется имя пакета, который предоставляет /some/file. Если имя пакета оказывается длиннее /some/file, VerTag начинает смотреть на мусор.
Исправлено в Сизифе.