В xxkb-1.11-alt1 при использовании обычного главного окна: XXkb.mainwindow.enable: yes XXkb.mainwindow.type: normal главное окно перемещается внутрь stalonetray, если stalonetray запускается после xxkb (при запуске сначала stalonetray, затем xxkb окно ведёт себя нужным образом). Воспроизводится в том числе в twm без настроек (изначально было обнаружено в fvwm, где в конфигурации было настроено размещение главного окна xxkb внутри FvwmButtons - окно перемещается со своего места в stalonetray). Как выяснилось, xxkb при обработке сообщения ClientMessage MANAGER(_NET_SYSTEM_TRAY_Sn), передаваемого при запуске stalonetray, не проверяет настройку XXkb.mainwindow.type, и перемещает главное окно в трей при любых настройках.
http://git.altlinux.org/people/vsu/packages/?p=xxkb.git;a=shortlog;h=0264912f9ee054c3de1d623e98ab930fcf3dc282
xxkb-1.11-alt2 -> sisyphus: * Sun Apr 12 2009 Sergey Vlasov <vsu@altlinux> 1.11-alt2 - Fixed undesired docking of xxkb if "Xxkb.mainwindow.type: tray" was not set and stalonetray is started after xxkb (ALT #19591).