Нарисуй правило для mod_rewrite, под который попадут все пакеты, но не попадут *.cgi? Я сразу сделаю.

RewriteCond /где/там/cgi-bin/%{REQUEST_FILENAME} -f (или !-f, в зависимости от последующего правила)

Правила сейчас такие:

RewriteRule ^/([0-9]+)$ /show_bug.cgi?id=$1 [R,L]
RewriteRule ^/([0-9a-zA-Z_-]+)$ /buglist.cgi?component=$1&product=Sisyphus [R,L]

(и аналогично для бранчей ещё две строчки)

Куда что добавить?

В самом начале:

RewriteCond /path/to/cgi-bin/%{REQUEST_FILENAME} -f
RewriteRule .* - [L]

Дальше вместо [0-9a-zA-Z_-]+ использовать [^/]+ (или .+, но тогда обработу бранчей пересавить повыше).

Спасибо, сделал.