После обновления дистрибутира Compact октябрьской версии до продакшн-версии 2.3 выяснилось, что Kmail не видит пользовательские каталоги в ./Mail. соответственно не не индексирует сохраненные сообщения в этих каталогах. Просмотр ~/.kde/share/config/kmailrc показал, что описания пользовательских каталогов (теги [Folder-*]) там отсутствуют (хотя описания пользовательских фильтров сохранились).
Может там с временными атрибутами файлов что-нибудь? Попробуй find ~/Mail -type f -exec touch {} \; перед запуском kmail