При этом msg.asc содержащийся во вложении нормально декодируется утилитой gpg. Поведение идентично для версии в Sisyphus и p9.
Это происходило из-за того, что в mutt была по умолчанию включена опция $pgp_use_gpg_agent. В mutt 3:2.0.4.0.4.gd6732de7d-alt2 эта опция была отключена, заодно эта же опция в выключенном виде была добавлена в файл .mutt/gpg в etcskel 2.0.17-alt1 потому что пользователей gnupg2 тоже много.