"ломается" кодировка удаленной стороны в настройках gftp после перезапуска программы. к примеру, CP1251 заменяется на CP125C.
Воспроизвести не удалось :(
Проверьте новую версию gftp-2.0.18rc1. На данный момент воспроизвести не удалось.