Собственно, не лучше ли сменить дефолтный backend matplotlib'а на Qt5Cairo? Он хорошо работает и в Wayland'е и в иксах.
В современном matplotlib больше нет понятия "дефолтный backend". Каждый указывает тот, который ему нужен. Ref: https://matplotlib.org/stable/users/explain/figure/backends.html
Я могу убрать зависимость на gtk, но тащить qt точно не буду.