Отсутствует файл /usr/share/xml/docbook/dtd/4.2/catalog.xml на который указывается в /usr/share/xml/docbook/catalog (правильный в аттаче.) Из-за этого не находятся DTD для документов, содержащих правильный docbook PUBLIC и локальный SYSTEM. docbook-dtds-4.3-alt1 xml-common-0.6.3-alt11
Created attachment 777 [details] Missed catalog.xml
На самом деле файл в исходниках есть, но ошибка в скрипте установки приводила к его установке в неправильное место. Исправлено в docbook-dtds-4.4-alt1.