Большая, просто огромнейшая просьба добавить command-line параметры для указания loopFs, loopDev и прочих loopXXX для принудительного указания чего и куда.
At this time, I'm reluctant to add any enhancements to this monolithic mkinitrd. Please have a look at another implementations that have modular architecture, e.g. make-initrd by Alexey Gladkov and Kirill Shutemov.
apparently wontfix (см. make-initrd в качестве замены)