Антон, а можешь пояснить смысл так делать?  Оно чему-то мешает?
Удаление конфигурации, к которой мог приложить руку человек -- IMCO недопустимо.

--- /etc/init.d/hardware
stop() {
        if [ -h /etc/X11/xorg.conf ] && [ "`readlink /etc/X11/xorg.conf`" ==
"xorg.conf.auto" ];then
            action "Remove Xorg configuration" rm -f /etc/X11/xorg.conf
/etc/X11/xorg.conf.auto
        fi
        RETVAL=$?
        return $RETVAL
}