На самом деле в случае syslinux указание параметра -d <dir> не влияет на работоспособность - этот параметр определяет только размещение файла ldlinux.sys (который при загрузке ищется не по имени, а по номерам секторов относительно начала раздела - номер первого сектора файла прописывается в загрузочный сектор, номера последующих секторов хранятся в первом секторе файла). Файл конфигурации в syslinux ищется независимо от расположения ldlinux.sys в следующих местах:

  /boot/syslinux/syslinux.cfg
  /syslinux/syslinux.cfg
  /syslinux.cfg

А вот поведение extlinux в этом месте существенно отличается от syslinux - при установке загрузчика в загрузочном секторе сохраняется номер inode каталога, который был указан в команде установки, и затем файл extlinux.conf читается именно из этого каталога.

У меня mkbootflash вываливался с разной руганью и не создавал загрузочную флешку, пока на -d не переправил

(В ответ на комментарий №2)
> У меня mkbootflash вываливался с разной руганью и не создавал загрузочную
> флешку, пока на -d не переправил

Не воспроизводится и опции '-d' у syslinux в /usr/sbin/mkbootflash я не вижу.

На сизифе:
$ rpm -q mkbootflash syslinux
mkbootflash-0.18-alt1
syslinux-3.82-alt6

На p5:
$ rpm -q mkbootflash syslinux
mkbootflash-0.17-alt1
syslinux-3.63-alt4